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《远古全球》:FossilMorph:化石自动测量和定量确认的新工具
FossilMorph数字图像处理流程图
《远古全球》:FossilMorph:化石自动测量和定量确认的新工具
丝状体类型的算力示意图
《远古全球》:FossilMorph:化石自动测量和定量确认的新工具
FossilMorph单图处理模式(A)和批量处理模式(B)界面截图
《远古全球》:FossilMorph:化石自动测量和定量确认的新工具
FossilMorph资料定量确认的图件展示
(神秘的地球uux.cn)据中国科学院南京地质古生物探究所:大资料与AI是驱动地球科学探究范式革新的重大手段。其在古生物学探究中也有着越来越多的使用,如运用卷积神经联网开展化石图像的智能确认分类、使用数字图像处理技术开展化石形态特征资料的自动获取和确认等。
随着古生物化石样品采集精度的提升和科研与生产实践中对样品确认更为高效的需求,科研人员通常需要在较短时间内处理众多化石图像。预测网大电影观察其中对其开展形态学特征的测量与确认是图像处理的首要岗位之一。当下化石的形态学资料首要依赖于手动操控测量使用,如Image J等。这样不只繁琐耗时,并且具有一定的主观性,轻松形成人为误差。
近期,动画电影消息中国科学院南京地质古生物探究所早期生命探究团队的万斌副探究员推动硕士探究生郑文涛,与东南大学、上海交通大学、南京大学的探究人员兴办,设计开发了一款化石图像测量确认的可视化操控界面—“FossilMorph”工具使用。该使用可用于开展化石图像形态特征的周一围相关免费试玩引关注自动测量和定量确认。探究成果近期发表于地学期刊《远古全球》(Palaeoworld)。
该使用版次首要是基于OpenCV-Python高效图像处理的计算机视觉工具,使用了各式图像处理技术,含有灰度转换、图像滤波、图像二值化、官方话题讨论资讯连通域确认等,并使用了OCR字符确认技术对化石图像比例尺开展自动确认以及换算,做到了对椭球形、丝状体、若干破损等类型的有机壁微体化石形态特征开展自动化批量提取和定量确认。确认结局可以Excel资料(.xlsx格式)导出或以箱线图、散点图、直方图、聚类图等各式类型图件呈现。
该使用的使用可大幅节省科研人员的时间与精力,显著提升化石图像形态特征的资料化和精确率。当下批处理模式可在1分钟内达成2000个化石图像形态资料的采集和确认。该技术在一定程度上表明了数字图像处理技术在有机质壁微体化石探究中具有很大潜力。
当下,该使用版次针对个体保存、形态相对简易、且主体与背景对比强烈的化石图像(如光学显微镜下的孢粉和疑源类酸蚀处理的薄片图像)具有较好的处理效果。前方随着算力的革新,FossilMorph将不断完善,致力于处理形态更为繁琐的化石类型和集群保存化石组合等,并与卷积神经联网使用相结合,依据化石定量化的形态和结构特征,开展化石图像的智能确认和定量确认,从而挖掘化石背后的更多真实有效资料信息,为揭示生命演化提供资料支撑。
有关使用已申请中国版权保护中心的计算机使用著作权。
该探究受到全国自然科学基金项目、中国科学院先导专项B类和前沿重点部署项目、现代古生物学与地层学全国重点评测室项目、香港尤其行政区博士后奖学金联合资助。
论文有关信息:Zheng Wentao#, Lou Zhouwei#, Yu Yefeng, Tang Qing, Wang Xiaopeng, Zhao Xianye, Shi Hongyi, Wan Bin*. FossilMorph: A new tool for fossil automatic measurement and statistical analysis. Palaeoworld. 2022. https://doi.org/10.1016/j.palwor.2022.11.001.

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